کلیسای چوپان متعلق به قرن ۱۶ میلادی است و به دلیل اینکه محل کلیسا در چراگاه منطقه دره شام بنا شده بود، محل عبادت چوپان‌های ارمنی منطقهٔ دره شام بشمار می‌رفت. بنا به روایتی دو کلیسا به همت دو برادر چوپان بنا شده‌است، یکی در این سمت رودخانه ارس و دیگری دقیقاً در جناح روبه رو که متأسفانه در سالهای اخیر تخریب شده‌است.
ساختمان کلیسا از خارج مربعی شکل به ابعاد ۷٫۷ در ۵٫۷ متر و از داخل صلیبی شکل بوده و کلیسای کوچک (Chapel) محسوب می‌گردد. ورودی اصلی در قسمت غربی بنا قرار داشته و محراب آن در سمت شرق بنا می‌باشد. مصالح بکار رفته در ساختمان آن سنگ و ملات است و سطح دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده‌است.
کلیسای چوپان تقریباً در ۵ کیلومتری غرب شهر مرزی جلفا، در ساحل رود ارس در استان آذربایجان شرقی و در میان کوه‌های رسوبی سرخ رنگ قرار گرفته‌است و طوری در آنجا مکان گزیده که به‌صورت جزء طبیعت لاینفک آنجا درآمده است. این کلیسا در سال ۱۵۱۸ میلادی احداث گردیده و در سال ۱۸۳۶ میلادی بازسازی گردیده‌است. چنانچه از نام آن قابل استنباط است شاید این کلیسا برای چوپانانی که مشغول چرای حیوانات در مراتع آنجا بودند طراحی شده تا آنها برای به عمل آوردن فیوضات خود به روستاهای دره شام مراجعت نکنند.
